院校的研究生教育始于1954年，截至1965年共招收培养研究生210余人（无学位）。“文革”期间，研究生教育被迫中断达10年之久。1978年院校恢复研究生招生，是国务院首批批准可授予博士、硕士学位的单位，也是实行单独考试和可面向港澳台招生的院校之一。1982年组成了第一届院校学位评定委员会，并于1982年首次授予硕士学位，1985年首次授予博士学位，揭开了院校研究生教育史上新的一页。1986年7月成立 ，统一领导院校的学位与研究生教育工作，1996年10月顺利通过国务院学位办对33所 的合格评估并正式挂牌。

院校研究生教育覆盖理学、工学、医学、管理学和哲学5个学科门类。培养研究生的研究领域包括基础医学，临床医学，生物学，药学，护理学、医学技术、公共卫生与预防医学，中西医结合，口腔医学，公共管理，生物医学工程，图书馆、情报与档案管理等。学科门类齐全，综合优势显著。截至2022年7月，院校已获得生物学、基础医学、临床医学、护理学、药学、公共卫生与预防医学、中西医结合、生物医学工程、医学技术9个一级学科博士学位授权点。目前院校拥有国家“双一流”建设学科5个，有一级学科国家重点学科2个、二级学科国家重点学科8个、三级学科国家重点学科2个、国家重点培育学科1个。一级学科北京市重点学科1个、二级学科北京市重点学科3个、三级学科北京市重点学科1个。在教育部第四轮学科评估中有6个A类学科；拥有国家级重点实验室6个、国家临床医学研究中心5个、其他国家级科研基地15个、省部级实验室59个等。。

院校拥有一大批在医学卫生领域经验丰富、学术水平较高并做出杰贡献的专家、教授。有两院院士26人，国家杰青45人、万人计划领军人才27人，博士生导师1032名、硕士生导师1231名。

院校研究生教育工作由 具体负责，下设研究生综合处、研究生招生处、研究生培养处和学位与学科建设处4个部门，研究生教育依托分布在全国各地的34个研究生培养单位，形成了院校—所院两级系统完整的多层次多类型的人才培养体系。

从1978年到2022年院校共招收研究生32655名。已经授予硕士学位12354名，博士学位13093名。他们为国家医药卫生、科技和教育事业的发展做出了重要贡献。目前，院校全日制在校研究生达5531人。经过40多年的建设与发展，院校已初步建成为学科门类齐全，指导力量雄厚，科研基础扎实，集医教研产为一体的的研究生培养基地。